《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第60号）第四条第三款、《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第60号）第六条、《中华人民共和国个人所得税法》 （中华人民共和国主席令第9号）第十二条、《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第707号）第十五条的规定，专项附加扣除费用必须在个人所得税汇算清缴时才能扣除的情形有以下三种情形：
1、享受大病医疗专项附加扣除的纳税人，由其在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时扣除。（法律依据：《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第60号）第四条第三款规定。）
2、纳税人未取得工资、薪金所得，仅取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得需要享受专项附加扣除的，应当在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关报送《扣除信息表》，并在办理汇算清缴申报时扣除。（法律依据：《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第60号）第六条）
3、取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。（法律依据：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第707号）第十五条）
（五）专项附加扣除费用可以选择在预扣预缴个人所得税时也可以选择在在个人所得税汇算清缴时扣除的两种情形
1、仅取得工资薪金综合所得的居民纳税人，其享受子女教育、继续教育、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人专项附加扣除的纳税人，可以选择扣缴义务人在预扣预缴税款时办理扣除；也可以选择在次年3月1日至6月30日内，向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时扣除。（法律依据：《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第60号）第四条第一款规定）
2、年度内未足额享受专项附加扣除的居民纳税人，可以在当年内向支付工资、薪金的扣缴义务人申请在剩余月份发放工资、薪金时补充扣除，也可以在次年3月1日至6月30日内，向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴时申报扣除。（法律依据：个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第60号）第七条）
