1、收入额的计算方法不同
年度汇算清缴时，收入额为收入减除百分之二十的费用后的余额；预扣预缴时收入额为每次收入减除费用后的余额，其中，“收入不超过四千元的，费用按八百元计算；每次收入四千元以上的，费用按百分之二十计算”。
2、可扣除的项目不同
居民个人的上述三项所得和工资、薪金所得属于综合所得，年度汇算清缴时以四项所得的合计收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。而根据个人所得税法及实施条例规定，上述三项所得日常预扣预缴税款时暂不减除上述扣除。
3、适用的税率/预扣率不同
年度汇算清缴时，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；预扣预缴时，劳务报酬所得适用个人所得税预扣率表二，稿酬所得、特许权使用费所得适用百分之二十的比例预扣率。
4、关于“按次”的具体规定
劳务报酬、稿酬所得、特许权使用费所得三项综合所得，属于一次性收入的，以取得该项收入为一次；属于同一项目连续性收入的，以一个月内取得的收入为一次。
